Ozon tedavisinin tıp dünyasında kabul görmüş on civarında uygulama metodu bulunmaktadır. Hangi tip tedavinin ne kadar süre ile uygulanacağı, ozon tedavisi hakkında uzman doktor tarafından değerlendirilerek önerilmektedir.

– Major otohemoterapi dediğimiz yöntem en sık tercih edilen uygulamadır. Hastanın damarından alınan kanın ozona dayanıklı şişe içinde uygun ozon/oksijen karışımı tatbik edildikten aynı damardan tekrargeri verilmesi ilkesine dayanır.

– Minor otohemoterapi denilen yöntem hastanın damarından alınan bir miktar kanın ozona dayanıklı şırınga içerisinde uygun ozon/oksijen karışımı tatbik edildikten sonra kas içine uygulanması esasına dayanmaktadır.

– Rektal insuflasyon denilen yöntem uygun ozon/oksijen karışımı ile üretilmiş gazın anüs yolu ile rektum içerisine verilmesi temeline dayanmakta.

– Vajinal insuflasyon denilen yöntem Uygun ozon/oksijen karışımı  ile üretilmiş gazın vajina içerisine verilmesi temeline dayanır.

– Lokal uygulamalar denilen yöntem uygun ozon/oksijen karışımı ile üretilmiş gazın kas, eklem, disk, tetik noktalar, tendon, cilt içine veya vücut boşluklarına uygulanması temeline dayanmaktadır.

-Topikal uygulamalar yöntemi ile uygun ozon/oksijen karışımı ile üretilmiş gazın veya ozonlu sıvıların cilt yani deri üzerine doğrudan uygulanması temeline dayanır.

– Torbalama yöntemi spesifik olarak  ekstremitelerdeki enfeksiyon, yara ve lokal deri lezyonlarında uygulanan etkin bir yöntemdir. Cilt ıslatıldıktan sonra özel olarak tasarlanmış bir torba ile lezyonun olduğu bölge çevrelenmesiyle başlanır.

– Diğer yöntemler ise sinüzit, otit vb. Hastalıklarda lokal uygulamalar yapılmaktadır.